先從不遠的近未來說起，人類的世界環(huán)境惡化，海平面上升，淹沒了大多數(shù)的城市。少數(shù)的人類幸存了下來，并屈居在少部分保存完好的高層建筑物內。但是他們面臨著人口稀少、勞動力缺乏的局面。
有一天，科學家在海洋中發(fā)現(xiàn)了一種神奇的生物：這種生物起來像是一種巨大的肉球，它沒有骨骼，像是一塊巨大的肌肉，而且似乎有微弱的意識。但是它的細胞樣本能夠通過特殊裝置和人腦電波控制其進行機械運動運動，于是人類思考到了一種解決社會勞動力缺乏問題的方法：
第一步驟，將肉球囚禁在實驗室，通過生物技術使其分裂出人體的雛形，肉球的表面出現(xiàn)很多人類的肢體;
第二步驟，分裂出來的個體倒著懸掛起來，單獨處理，使其進一步精確成形，完全變?yōu)榈娜祟惖男螤?
第三步驟，換上衣服，打包包裝送去人類的聚居地，配合腦波裝置控制他們?yōu)槿祟惙铡Ｈ馇驎粩嗟叵鳒p，于是通過灌輸營養(yǎng)，使其不斷成長。
由此人類獲得了源源不斷地勞動力來源，社會也逐漸變得繁榮興旺。
(下文稱這種肉球勞動力為“工人”)
但是與此同時，外面的世界依舊不斷惡化中，農場出現(xiàn)了奇怪的蠕蟲，使牲畜大批死亡;海底的海平面仍然不斷上升、侵蝕人類的建筑;同時還有那種巨大的炮彈一樣的音波(我還沒對這個找到合理的解釋)?？偠灾澜绮惶?。
而且人類意想不到的是，肉球分裂出一些極為特殊的個體，他們具體有兩個主要特征：
1、他們沒辦法成長為強壯的成人(因為勞動力只需要成人體型)，只能變成小孩;
2、和一般沒有意識的“工人”比起來，他們很聰明 ，而且具備逃走的意識和能力。
(好了，這點極為重要，可以解釋主角紅衣小男孩和“水鬼”的由來。)
??人類認為特殊個體是肉球的大腦中樞(另外一種說法就是突變說，從無意識到有意識)，害怕這些具有意識的個體回歸肉球，讓肉球逃走。于是他們將特殊的個體集中到一個遠離肉球研究所和人類社會的地方?？赡苁橇硗庖粋€研究機構，也可能是一個學校。人類科學家在里面研究這類有意識的個體。但是這個機構依舊不斷出現(xiàn)了個體逃走的事件。于是他們會派人和狗在森林中巡邏，見到逃走的個體就殺無赦。
我們的主角小男孩就是數(shù)個逃走的個體其中的一個。
他不幸，失去了部分記憶，只是內心驅使著自己必須到一個地方，逃離人類，尋找自己的歸屬，然后獲得自由。在此之前，他還以為自己是一名“人類”。
小男孩先是在農場發(fā)現(xiàn)了那些“工人”，而且發(fā)現(xiàn)特殊的裝置能控制他們行動;再到后來，他發(fā)現(xiàn)就算裝置的線斷了，依然能做到這些，仿佛自己和無靈魂的“工人”存在什么必然的練習。自己能夠用意識控制他們，他們也一直聚在自己身邊。
小男孩偷來一個潛水艇，在前進的路上，他遭遇了“水鬼”。
“水鬼”也是個小孩，留著長發(fā)，能夠在水下呼吸，而且力大無窮。它總是想把主角“溺死”，一路上都這樣做。實際上水鬼的意圖并非溺死主角，而是試圖讓他想起來，自己能夠在水下呼吸這件事情。
水鬼的身份是此前逃離的個體，他本來也一名小男孩。但在逃跑的過程中他差點“溺死”并存活了下來，然后因為前路的阻撓等因素，他失去了繼續(xù)前進的動力，從此呆在了水中。等他想起自己的使命之時，卻已經變得不能在陸地上生存了。于是他發(fā)現(xiàn)了肩負尋求自由使命的主角，并試圖幫助他想起自己的本來身份。當然最后水鬼成功了，小男孩獲得了水下呼吸的能力，并潛入了研究大肉球的實驗室。
他最后找到了肉球，在試圖幫肉球拔下營養(yǎng)管的時候，被肉球吞噬并融為了一體。獲得了小男孩意識的肉球橫沖直撞，不計一切逃離出去，而部分人類卻興致滿滿地觀察他的逃走行為以及揭秘技巧，甚至幫助他解謎;但最后人類的本性暴露了出來，設下一個陷阱試圖將肉球給重新囚禁。最后的結局是，肉球成功逃出了人類的建筑，滾下了山崖，但癱倒在海灘上;陽光沐浴在肉球身上，海洋離自己卻前所未有的近。肉球奄奄一息，逐漸萎縮了下去……
以上分析的漏洞和個人的“強行”解釋
1、農村死豬和水下倒懸人體身上的蠕蟲是什么
解：反正不是人類制造出來的東西，可能是源于海洋的一種寄生生物，特點是以活體生物和腐蝕為食，包括肉球生物。
2、為什么后面的場景，那么多人類會跑去看肉球
解：游戲導演刻意制造的效果，為了提起玩家的好奇心去探尋真相
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